Stephen Hawking leidet an Amyotropher Lateralsklerose, die häufiger als Lou-Gehrig-Krankheit oder ALS bezeichnet wird. Obwohl er seine Diagnose im Alter von 21 Jahren erhielt, verschlimmerte sich die Schwere seiner Symptome im Laufe der Jahrzehnte allmählich. Bevor er aufgrund seiner Krankheit den größten Teil seiner Unterkörperfunktionen verlor, konnte er drei Kinder zur Welt bringen.
Amyotrophe Lateralsklerose ist eine neurodegenerative Erkrankung, die dazu führt, dass Nervenzellen sowohl im Gehirn als auch im Rückenmark nach und nach absterben, wodurch die Fähigkeit des Gehirns, Muskelbewegungen zu kontrollieren, beeinträchtigt wird. Allerdings kann das Absterben der Nervenzellen wie bei Stephen Hawking recht langsam voranschreiten. Lähmungen treten typischerweise erst in den späteren Stadien der ALS auf.
Obwohl er Schwierigkeiten beim Gehen hatte und stark undeutlich sprach, heiratete Hawking 1965 und bekam 1967 seinen ersten Sohn. In den folgenden Jahren verschlechterte sich seine körperliche Leistungsfähigkeit immer weiter, bis zu dem Punkt, an dem er auf Krücken angewiesen war und nicht mehr schreiben konnte. Sein zweites Kind, eine Tochter, wurde etwa zu dieser Zeit im Jahr 1970 geboren. Fast ein Jahrzehnt später, in dem sich Hawkings Sprach- und Motorik langsam weiter verschlechterten, wurde 1979 Hawkings drittes und letztes Kind geboren.
Bis heute hat sein Zustand zu einer fast vollständigen Lähmung und einigen Atembeschwerden geführt, was mit den Spätstadien von ALS vereinbar ist.